11岁的乔纳森（马库斯·瑞格德 饰）经常和自己的爷爷一起在一片巨大的树林边上度假，关于这个树林有一个传说：里面居住着巨大的神奇动物。这一年，乔纳森的平静的度假生活被自己的小妹妹索菲打破了，她加入到了乔纳森和爷爷之间，也在这里度假。乔纳森一点都不喜欢这个小妹妹，所以竭尽全力的躲避她。乔纳森“成功”了，一头1000岁的巨熊绑架了索菲。可是这个突如其来的事情完全出乎乔纳森的意料。现在，他只有克服自己的恐惧，步入森林深处，面对着居住在那里的怪物，救出自己的妹妹。

警方正全力找寻证据去起诉奸杀案疑凶黄柏木，希望将他定罪，藉以安抚市民对树林的忧虑，但证据却未能掌握。夏松梓女探长新上任，接手柏木一案。松梓深信柏木只是其中一个凶手，树林多宗自杀失踪背后，内里一定有文章。另一方面，她还要受到上头压力，催促尽快破案，因此她决定进入案发的树林调查。澍海是修读高级植物学的博士，他耗尽所有时间和精神，去证明“植物等同生物”的理论，他认为植物都有思想、感情甚至语言。

在绿树林这个风景优美的村庄，充满奇妙快乐的童话故事逐一展开。一心想自由飞翔的淘气鬼淘淘、梦想当发明家的考考、想成为歌手的漂亮的嗨嗨、爱画画的皮皮，还有那虽然有些笨拙却心地善良的嘟嘟，大家一起和睦地相处着。绿树林的发明家考考正策划非同寻常的计划。那会是什么样的呢？

下雨啦，飞飞用树叶做了树叶伞，得意极了。飞飞和飘飘要用树叶伞为树林中的小动物们遮雨，他们打着树叶伞来到树林中，只看到了小象。小象告诉他们小动物们都吓得躲到了山洞里。飞飞和飘飘来到山洞，找到了小松鼠和小兔子，他们告诉飞飞和飘飘大家正在躲怪物“咔咔”，怪物“咔咔”很厉害，一到下雨天就会出现……