浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary Read”在那里留有宝藏”的传说……来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探索海底宫殿时，一名宝藏猎人被鲨鱼群袭击后死亡。由于事出蹊跷，柯南便同灰原等人展开调查。柯南运用推理将宝藏猎人被杀事件和宝藏传说逐一解开。最大的谜团，隐藏在“海盗旗”中的秘密究竟是什么？这回，高潮的舞台，被转移至

武德辉与厉藉赴大陆公干而走私出土文物，被解放军追捕并堕下山崖，误得元朝秘笈，又救了被天蚕网冷藏二百年的元朝云萝公主及侍俾小蛮，但也释放了二百年前天下第一邪派高手天残。云萝绝世聪明，回港后迅速精通多国语言，成为时代女性。辉学成如来神掌，迟只练成七旋斩。他们被天残找到，因辉没练成万佛朝宗，不敌天残，被废去全身武功。