《厌火》（全球最火爆的游戏）的头号玩家图岚在游戏中打败了BOSS猰貐时，收到了老哥图牧带有暗号的消息让图岚感觉情况有些不对。下线后的图岚去往游戏公司寻找图牧，经过两番试探，发现图牧不对劲。为了寻求真相图岚在网吧登录游戏，试图找寻有关图牧的讯息。

　　以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚