背景设置在切尔滕纳姆的政府通讯总部，大卫·休默饰演一名渴求权力、特立独行的美国国家安全局探员。他加入一个笨拙、不圆滑的计算机分析师的新团队，合作追捕网络犯罪者。

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。

　　阿迪（张学友 饰）身为警察在黑帮中卧底多年，对于这样的双重生活，他感到异常痛苦和厌倦。在亲手将信赖自己的成哥送入了监狱后，阿迪接到了下一个任务——接近黑帮骨干何俊（张耀扬 饰）。　　孙Sir（江华