小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆

　　蜘蛛再度复活，吞噬军舰，人类面临空前最大灾难！亚丽与杰森因一场暴风骤雨落难海面，但是幸运被一艘货船救起，起初一切安好，但杰森发现葛贝医生替他注射的疫苗不对颈，结果发现原来医生在计划一项让蜘蛛在人体